El 15 de noviembre del año 1504 el papa Julio II, mediante la bula papal “ Illius Fulciti” erigió en La española la primera provincia eclesiástica y sede arzobispal en el nuevo mundo en honor a la virgen bendita bajo el título de Nuestra Dama de la anunciación en los poblados de Maguá y Bayuna. Esta bula quedó sin efecto a causa de la oposición del rey Fernando, el cual objetó la concesión del papa a los primeros religiosos del Nuevo Mundo.



Según la relación de Chistóbal de santa Clara, en el año de 1506, sin todavía la villa ser parroquia, estuvo en ella el clérigo Juan Mateo, al menos desde 08 de septiembre 1506 al 21 de abril 1507.

La Virgen de la Altagracia es la Protectora del Pueblo Dominicano (por confusión, muchas personas piensan que es la Patrona del país; la Virgen de las Mercedes es la Patrona). Su devoción, por parte de la población católica, se inició en el país durante el período colonial, de donde pasó a otras regiones de América.

El 12 de mayo de 1512 es erigida en parroquia la villa de Salvaleón de Higüey por el obispo de Santo Domingo, García Padilla. Para esa época, se instalaron en Higüey los hermanos Alonso y Antonio de Trejo, naturales de Placencia, en Extremadura (España), quienes fundaron un trapiche para producir azúcar. Al mudarse estos hermanos a la villa de Higüey, trajeron consigo la imagen de la Virgen de la Altagracia y, más tarde, la ofrecieron a la parroquia para que todos pudieran venerarla.

En 1514 regresó Fray Pedro de Codota a La Española cargado de Cédulas Reales y pertrechos para iniciar la evangelización en tierra firme.

Desde principios del siglo 17, y quizás poco antes, la devoción por la Virgen de la Altagracia pasó a Puerto Rico, específicamente a Coamo. Los viajeros que se trasladaban desde la Isla de Santo Domingo a Puerto Rico lo hacían por el "puerto del Higüey" (Boca de Yuma) y atravesaban el Canal de la Mona para llegar al puerto de San Germán. Por temor a los piratas que frecuentaban estos mares y mientras esperaban barcos en el "puerto del Higüey", los viajeros acudían al santuario de la Virgen de la Altagracia en la villa de Higüey, implorando su protección contra los peligros del mar y de los piratas.

Antonio Cuesta Mendoza escribe en el tomo II de su Historia Eclesiástica de Puerto Rico: "De muy antiguo debió haber devotos en esta advocación pues ya para el 1647 le habían erguido una ermita particular [en la villa de San Blas de Coamo]". De hecho, hay evidencia de que esta capilla ya estaba construida para el año 1622, o posiblemente desde antes.

En 1690, los españoles encabezados por Antonio Miniel invadieron el territorio del Oeste y el 21 de enero derrotaron a los franceses en la histórica batalla de la Sabana Real de la Limonade, pereciendo el gobernador francés Cussy en la acción y retirándose luego los españoles a Santiago.

Como las tropas procedentes del Este de la isla elevaron sus plegarias a Nuestra Señora de la Altagracia la víspera del combate, al verse triunfantes iniciaron la celebración de su fiesta religiosa en ese día (21 de enero), en vez del 15 de agosto, costumbre que se ha mantenido a través de las generaciones hasta nuestros días.

El día de la altagracia era celebrado en el país el 15 de agosto, pero desde el 1692 se está celebrando el 21 de enero como recuerdo de la victoria de las tropas dominico-españolas en la natalla de la Sabana de la Limonada.

En 1692 el arzobispo Isidoro Rodríguez Lorenzo escribió una carta dirigida “a todos los fieles cristianos, estantes y habitantes, vecinos y moradores de este nuestro arzobispado” en donde por primera vez aparece una autoridad eclesiástica aprobando como buena y válida la fiesta de los 21 de enero.

Al pasar el tiempo, se perdió el conocimiento del origen de la imagen. Fue el padre Gabriel Benito Moreno del Christo quien años después inventaría la leyenda del "Viejo, los Dos Ríos y del Sueño Misterioso", que el poeta y escritor Rafael Deligne recogió en su obra Encargo Difícil y por igual el escritor y también poeta Juan Elías Moscoso en su obra Chiquitica de Higüey. Pero la leyenda surge debido a vacíos en la historia y, unida a los datos históricos, nos dan una percepción de lo que fue la realidad. La leyenda y la historia se complementan.

A principio del siglo 20, Monseñor Arturo de Meriño, Arzobispo de Santo Domingo, pidió a la Santa Sede la concesión de Oficio Divino y Misa Propia para el día de la Virgen de la Altagracia suplicando, además, que fuese como festividad de precepto los 21 de enero, ya que los 15 de agosto no se podía pues la Iglesia Católica celebraba en esa fecha el Misterio de la Asunción de la Virgen a los Cielos. El pedimento fue aprobado y la concesión es efectiva para toda la Arquidiócesis de Santo Domingo. El 21 de enero fue declarado oficialmente día no laborable y de fiesta nacional en todo el territorio nacional durante el gobierno de Horacio Vásquez.

La imagen de Nuestra Señora de Altagracia tuvo el privilegio especial de haber sido coronada dos veces. El 15 de agosto de 1922, en el pontificado de Pío Xl, sobre el Baluarte 27 de Febrero o Puerta del Conde fue canónicamente coronada Nuestra Señora de la Altagracia, traída desde su Santuario de la Villa de Higüey, hasta la Capital de la República

El Papa Juan Pablo II, durante su visita al país, coronó personalmente el 25 de enero de 1979 a la imagen con una diadema de plata sobredorada, regalo personal suyo a la virgen.

La advocación de la Virgen de Altagracia es muy popular, concurriendo a su santuario todo los años numerosas romerías que van desde los más apartados confines de la isla a ofrendarle los votos y promesas hechas en momentos de tribulación. Su santuario se encuentra en la ciudad oriental de Salvaleón de Higüey.